En 1993 Max Streibl, presidente de Baviera desde la muerte de Strauss, tuvo que dimitir al relacionársele con casos de soborno. Stoiber se disputó entonces la plaza vacante con el presidente del partido, Theo Waigel, cuyas aspiraciones desaparecieron tras conocerse una relación extramatrimonial. Seis años más tarde, la guillotina rubia, como apodaron a Stoiber sus enemigos, conseguía arrebatarle también a Waigel la presidencia del partido.

Si triunfó en Baviera, su relación con Berlín, es un historial de fracasos. Stoiber fue en 1980 el encargado de dirigir la campaña de su mentor Strauss en unas elecciones que éste perdió contra el socialdemócrata Helmut Schmidt. Y cuando fue él, después de desbancar a Angela Merkel, el encargado de luchar por el Gobierno en 2002, no fue capaz de arrebatarle el puesto a Gerhard Schröder.

La oportunidad que Stoiber no pudo aprovechar sí le sirvió a Angela Merkel para convertirse, con un más que ajustado resultado, en la primera mujer al frente de Alemania. Cuando en octubre de 2005, SPD, CDU y CSU decidieron formar una Grosse Koalition, Stoiber fue uno de los negociadores. Pero cuando Merkel le ofreció asumir el superministerio de Economía, Tecnología e Industria, el bávaro se lo pensó dos veces y decidió seguir gobernando la floreciente Baviera antes que enfrentarse a los problemas de un país en crisis. Una decisión que no se le perdonó ni en la capital ni en su patria chica, donde dos hombres ya habían empezado a disputarse su silla cuando aun estaba caliente: Günther Beckstein actual responsable de Interior del Land y Erwin Huber, ministro bávaro de Economía, los mismos que, según los primeros rumores de ayer, habrían decidido repartirse los cargos de primer ministro y presidente de la CSU.