Fernández, adscrita al Juzgado del Instrucción número 35, al que correspondió por reparto el caso, ha alegado «motivos de conciencia» para no continuar interviniendo después de que el 26 de enero se acordara como criterio oficial de la Fiscalía pedir el archivo de las diligencias.

Fernández está en desacuerdo con ese criterio, que fue adoptado en una reunión entre Moix, fiscal jefe del Tribunal Superior de Madrid, y los fiscales decanos de la jurisdicción penal.

Por 11 votos frente a cinco, prosperó la tesis de que el comisario general de Policía Científica, Miguel Angel Santano; su número dos, Pedro Mélida; el jefe de la Unidad Central de Análisis, José Andradas, y el jefe del Laboratorio Toxicológico, Francisco Ramírez, no incurrieron en ninguna conducta delictiva al modificar el informe elaborado por tres de sus subordinados sobre el ácido bórico hallado en la vivienda de un procesado por el 11-M. Los peritos hicieron constar que la misma sustancia fue intervenida en un piso franco de ETA, referencia que los responsables de la Policía Científica no querían que constara en un dictamen que iba a ser incorporado al sumario del 11-M.

La fiscal del caso ha participado desde el principio en todas las diligencias y ha interrogado tanto a los peritos como a los imputados, y coincide con la juez instructora, Gemma Gallego, en que Santano y sus mandos pudieron cometer un delito de falsedad documental y una tentativa de falso testimonio.

Esta última imputación no fue apoyada por ningún fiscal decano, ni siquiera por los cinco que sí aprecian que hay indicios de falsedad documental.

Tras la reunión de los decanos, Patricia Fernández habló con Moix para que la sustituyera. El fiscal jefe no era partidario de la medida, ya que, a su juicio, en una institución sometida al principio de jerarquía «no es de recibo» que un fiscal deje de trabajar en un asunto por no compartir la postura de los responsables de la Fiscalía, establecida por una abrumadora mayoría. Moix le indicó que su reacción podría entenderse si se tratase de solicitar prisión para alguien a quien la fiscal considera inocente, pero en este caso es lo contrario.

Fernández, sin embargo, insistió en que violentaba su criterio profesional presentar el escrito en el que se pedirá el archivo del proceso, por lo que decidió renunciar por escrito. La fiscal será sustituida por Pedro Martínez, uno de los fiscales decanos partidarios del sobreseimiento.