Encargarse de causas complicadas no es algo alejado del carácter de este fiscal de 41 años, al que sus compañeros consideran competente y trabajador. En 2002, cuando no llevaba un trienio en la Fiscalía de Madrid, se prestó voluntario para intervenir en el juicio por el montaje contra el director de EL MUNDO, con Rafael Vera, Angel Patón, José Ramón Goñi y Emilio Rodríguez Menéndez, entre otros, en el banquillo de los acusados.

No era un asunto turnado a las Secciones de la Audiencia de Madrid de las que él se ocupaba, pero, compatibilizando esa vista con los asuntos que ordinariamente le correspondían, logró que sus tesis acusatorias prosperaran, contribuyendo a la interpretación de un tipo penal -revelación de secretos- poco frecuente.

Durante esa época en la Fiscalía de Madrid trabó buena relación con el entonces fiscal-jefe, Mariano Fernández Bermejo, recién nombrado ministro de Justicia.

Fernández Bermejo tuvo mucho que ver en el alejamiento de Bautista de la Asociación de Fiscales, a la que pertenecía y que le llegó a designar para ser vocal del Consejo Fiscal, un puesto de la máxima confianza asociativa. En 1998, Bautista se apartó del criterio de la AF en la elección del nuevo fiscal jefe de la Audiencia Nacional ya que él quería votar a su jefe, que optaba al cargo. Fernández Bermejo era un relevante miembro de la Unión Progresista de Fiscales (UPF), antagonista de la AF.

Otra vaca sagrada de la UPF, Javier Zaragoza, ha promovido a Carlos Bautista a sus dos últimos destinos, la Fiscalía Especial Antidroga y la Audiencia Nacional.

La llegada a Antidroga se produjo en 2005 y no con facilidad. Zaragoza, entonces responsable de esa Fiscalía, le reclamó para cubrir una vacante, pero el fiscal general, Cándido Conde-Pumpido, se encontró con que Bautista no iba a ser apoyado en el Consejo Fiscal ni por los vocales de la AF (que se consideraban «traicionados» por Bautista) ni por los de la UPF (que, pese a todo, no le estiman como uno de los suyos). El compromiso de Conde-Pumpido de no efectuar ningún nombramiento con cero votos del Consejo llevó al propio fiscal general a pedir a los dos vocales natos (el teniente fiscal y el inspector) que votasen a Bautista. Esos dos únicos votos permitieron sacar adelante el nombramiento, uno de los que menos respaldos ha obtenido de la etapa de Conde-Pumpido.

Cuando Zaragoza pasó a ser fiscal jefe de la Audiencia Nacional, Bautista le siguió los pasos para convertirse en una de las nuevas caras de la etapa post-Fungairiño.