Las torturas denunciadas se producían, según los querellantes, en diferentes centros clandestinos. Entre ellos, los de Kaalat Maguna, Agdez, Skoura, PCCMI (Puesto de Mando de las Compañías Móviles de Intervención) y el BIR en El Aaiún (antiguo Batallón de Instrucción de Reclutas, español).

En muchos casos, las torturas concluían en desapariciones. Según la querella, para ocultar los crímenes se enterraban los cadáveres en fosas comunes sin ninguna identificación. Una de esas fosas se ha localizado en la playa de El Aaiún, muy cerca del centro de detención instalado en el antiguo Batallón español de Instrucción de Reclutas. En ocasiones, los detenidos eran enterrados aún con vida.

La querella recoge otra variante para quienes eran detenidos: ser arrojados desde helicópteros. La denuncia responsabiliza de esta actividad a uno de los querellados, el coronel Ben Otman, perteneciente a las Fuerzas Armadas Reales.

Otro de los 32 querellados a los que se le atribuye una 'especialidad' concreta es Rouimi Ayad, inspector de la policía judicial de El Aaiún y miembro de la brigada criminal desde 1976. El escrito le define como uno de los torturadores más conocidos por la población saharaui, en particular por la práctica de la tortura denominada 'Chifón', consistente en cortar la respiración al torturado con un trapo sucio mojado en lejía y orina después de atar las manos y pies al detenido.

Uno de los dos centenares de desapariciones recogidas es la de A.S.A., casado, con dos hijos y DNI español. Según el escrito, el Ejército marroquí le secuestró junto a su familia a finales de 1975 en Chedería, tras matar al ganado y quemar su tienda. Fue trasladado a un cuartel militar en Smara. Su esposa quedó en libertad, pero a él lo llevaron a una prisión secreta en Lamsellad, al sur de la ciudad de Tantan. El responsable del traslado fue el coronel Laamarti, uno de los querellados. Según el testimonio de algunos presos, la mayoría de los detenidos de su grupo fueron enterrados vivos en una fosa común.