El 19 de noviembre de 1999, Garzón elevó un auto al Tribunal Supremo (TS) para que se pronunciase sobre si de los desclasificados 'papeles del Cesid' podían deducirse suficientes indicios de criminalidad para procesar a González.

El juez pretendía dar un nuevo impulso al sumario del 'caso Oñaederra'. Y lo hacía poniendo el nombre y los apellidos del ex presidente a la 'X' que encabezaba un organigrama de la banda terrorista elaborado por el propio Garzón para esas mismas diligencias, y que representaba la dirección política que habría coordinado la guerra sucia contra ETA por encima de los ministros del Interior y de Defensa.

Garzón sostenía en su escrito que la llamada «acta fundacional de los GAL» supone «una distribución de funciones de los diferentes actores en juego cuya aprobación depende en definitiva de quien ostenta la máxima responsabilidad en la lucha antiterrorista, es decir, el presidente del Gobierno». El juez exponía que era imprescindible que el TS fijase «el límite de la responsabilidad, desde arriba» para establecer el marco definitivo del sumario.

Felipe González reaccionó ese mismo día. Atribuyó la decisión del juez al «rencor de la derecha» y manifestó que había oído a Garzón afirmar «que había que acabar con el sistema político corrupto y con el felipismo, y que ésta era su misión en la vida». El ex presidente dijo asimismo que esta supuesta declaración confirmaría «aquella vieja teoría de la conspiración de hace unos años», en referencia a las informaciones -que resultaron probadas en sede judicial- que vinculaban a su Gobierno con distintas tramas de corrupción y con la creación de los GAL.

Al día siguiente, Garzón le replicó que «decir que un magistrado hace política es el típico comportamiento de quien quiere deslegitimar las investigaciones para lograr la impunidad».