Esta vez no hizo falta que Otegi compareciera ante el tribunal. Bastó con que el fiscal del caso solicitara al juez Fernando Grande-Marlaska que dictara el sobreseimiento de la causa. Era la única acusación personada, por lo que la petición tuvo que ser atendida por el magistrado.

El 20 de septiembre de 2003, Otegi y otros dirigentes de Batasuna participaron en el homenaje a Otazua, muerto seis días antes en el Alto de Herrera (Alava) en un enfrentamiento con la patrulla de la Ertzaintza a la que había tendido una emboscada.

Según las informaciones recogidas en la prensa, al final de la marcha -convocada bajo el lema No apartheid, autodeterminazioa- Otegi pronunció frases como ésta: «La izquierda abertzale tiene un puño de hierro para todos aquellos que pretendan volver a someter a este país a una terapia que no soluciona el conflicto político. No vais a jugar con nosotros. No lo vamos a permitir. Vamos a responder a todas y cada una de sus agresiones, a todos sus emplazamientos».

Otegi pronunció su discurso en las escaleras del Ayuntamiento de Bilbao, bajo un enorme cartel con el rostro del etarra muerto junto al lema Agur eta ohore gudari gaztea (Adiós y honor al joven soldado).

La Fiscalía considera que de la instrucción de la causa no se desprenden elementos suficientes para sostener una acusación. Entre otras cosas, porque en ninguno de los vídeos reunidos por el juzgado se escucha la voz de Otegi, y el acusado no ha reconocido haber pronunciado ninguna frase incriminatoria.

La única posibilidad con la que Grande-Marlaska contaba para evitar el sobreseimiento de la causa era dirigirse a Javier Zaragoza, como fiscal jefe de la Audiencia Nacional, para que se pronunciase sobre la decisión del fiscal del caso, Luis Barroso. Una consulta inútil, explicaron fuentes judiciales, puesto que era evidente que el fiscal jefe estaba al tanto de una decisión tan relevante para Otegi.

En la instrucción declararon como testigos varios periodistas que cubrieron el acto y que ratificaron sus informaciones ante el juez y el fiscal. La referencia al «puño de hierro» recogida en los medios y con la que se cerró el acto fue uno de los indicios esgrimidos por la Fiscalía para presentar la querella por enaltecimiento y manifestación ilegal.

Otro elemento fue que el dirigente de Batasuna inició su intervención con un «viva a los gudaris vascos» y dedicó abundantes elogios al etarra. También se escucharon vivas a ETA y al fallecido, así como «el pueblo no perdonará» y «la lucha es el único camino».

La investigación por estos hechos arrancó por una querella de la Fiscalía del País Vasco ante el Tribunal Superior de Justicia (TSJ), competente para el caso dada la condición de Otegi, que entonces era parlamentario autonómico. Entre otras diligencias, el TSJ tomó declaración al dirigente abertzale. Cuando éste perdió el escaño y con él su aforamiento, la causa fue remitida a la Audiencia Nacional. Allí recayó en el Juzgado Central de Instrucción número 3, del que era titular Teresa Palacios. Cuando la magistrada se trasladó a la Sala de lo Penal, su plaza fue ocupada por Grande-Marlaska.

La última diligencia practicada en la causa fue la toma de declaración, ya ante Grande-Marlaska, de la ex parlamentaria autonómica Araitz Zubimendi, actualmente en prisión.

Inicialmente, en la causa estuvieron imputados, además de Otegi y Zubimendi, una veintena de miembros de la izquierda abertzale. Entre ellos, Joseba Permach y el secretario general del sindicato LAB, Rafael Díez Usabiaga.

El atentado tuvo lugar cuando una dotación de la Policía autonómica acudió al Alto de Herrera (Alava) para atender una llamada que alertaba de un accidente. Al llegar al lugar, los ertzainas se acercaron a un vehículo que se encontraba cruzado. Otazua y Asier Mardones abrieron fuego contra los agentes con una escopeta de cañones recortados, hiriéndoles en el brazo a uno y en la cara al otro.