«Con la denuncia de torturas se pretende crear vías para que organismos internacionales se interesen por el problema de la falta de libertad de nuestro pueblo, crear tensiones y contradicciones entre los partidos democráticos y desgastar al enemigo militar», continúa el texto. Y precisa: «Hablar de interrogatorios, golpes, bolsa, bañera, potro, tortura psicológica... Aquí vale todo».

Este manual fue aportado por Interior el 10 de marzo de 2003, cuando era dirigido por Angel Acebes, en la única denuncia que hasta ahora han presentado las Administraciones Públicas por acusar falsamente de torturas. La acción penal se dirigía contra el director del diario abertzale Egunkaria, Martxelo Otamendi, y otros tres directivos de ese medio de comunicación, a quienes se acusaba de los «delitos de injurias, calumnias, denuncias falsas y obstrucción a la Justicia, todos ellos con fines terroristas, y de un delito de colaboración con banda armada». Interior fundamentaba éste último en que las declaraciones de los denunciados en las que habían alegado torturas suponían seguir la estrategia que ETA proponía en el documento citado, y compartir sus objetivos.

Egunkaria fue clausurado el 21 de febrero de 2003. Otamendi fue detenido esa madrugada por la Guardia Civil y permaneció arrestado cinco días. Cuando salió de prisión relató que le pusieron una pistola en la sien y que le cubrieron en dos ocasiones la cabeza con una bolsa de plástico para provocarle una sensación de ahogamiento. Tras casi un mes narrando su desgracia a los medios que le dieron cobertura, denunció al Instituto Armado en los juzgados de Plaza de Castilla, ya después de que el Gobierno del PP hubiese tomado la iniciativa contra él.

Las declaraciones de Otamendi desataron una importante tormenta política. Destacados dirigentes del PNV, como Iñaki Anasagasti, Joseba Azkarraga o Juan María Atutxa dieron pábulo a sus palabras; Otegi llamó al Rey «jefe de los torturadores», por lo que en 2005 fue condenado a un año de cárcel por el Supremo, y Pasqual Maragall estuvo a punto de provocar la primera quiebra del Pacto Antiterrorista cuando aseguró que «su opinión personal» era que Otamendi «dice la verdad». El PSOE le obligó a rectificar.

La denuncia del Gobierno fue archivada provisionalmente hasta que se resolviese la que interpuso Otamendi. El 26 de febrero de 2004, la juez Carmen Valcárcel abandonó la instrucción de la causa por torturas al entender que no existían indicios de las mismas, pero la de Interior nunca se reactivó.